Pipeline LiDAR: classification sol auto + pré-traitement ELM + fix warnings
- Ajout classification automatique du sol (SMRF/PMF/CSF) avec détection
heuristique (ratio retours uniques > 0.6 → PMF urbain, sinon SMRF)
- Pré-traitement PDAL recommandé avant classification: ELM + outlier
removal (cell=5.0, threshold=2.0 adapté au calcaire rocailleux)
- Options CLI: --ground-classification {auto,smrf,pmf,csf} et
--force-classification pour forcer la reclassification
- Fix double logging (logger.propagate = False)
- Fix --force non transmis dans run.sh (réécriture parsing arguments)
- Fix warning numpy 'partition will ignore mask': conversion MaskedArray
en ndarray avant np.percentile()
- Ajout liblaszip8 + lazrs pour support LAZ dans Docker et laspy
- Tests unitaires pour PMF, CSF et auto-détection
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
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Jacquin Antoine
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run.sh
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run.sh
@ -9,6 +9,10 @@
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# -v Mode verbeux (timestamps + niveaux)
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# --debug Mode debug (détails internes fichier:ligne)
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# -f / --force Régénérer tous les fichiers même si existants
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# --force-classification
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# Reclassifier le sol même si le fichier .las existe déjà
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# --ground-classification {auto,smrf,pmf,csf}
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# Méthode de classification du sol (défaut: auto)
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# --file NOM... Traiter un ou plusieurs fichiers LAZ spécifiques
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# --test Exécuter les tests unitaires
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# -h Afficher l'aide complète
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@ -27,18 +31,24 @@ if [ $# -eq 0 ]; then
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echo " -v Mode verbeux (timestamps + niveaux)"
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echo " --debug Mode debug (détails internes fichier:ligne)"
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echo " -f / --force Régénérer tous les fichiers même si les WebP existent"
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echo " --force-classification"
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echo " Reclassifier le sol même si le fichier .las existe"
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echo " --ground-classification {auto,smrf,pmf,csf}"
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echo " Méthode de classification du sol (défaut: auto)"
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echo " --file NOM... Traiter un ou plusieurs fichiers LAZ (nom complet sans .laz/.las)"
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echo " --test Exécuter les tests unitaires"
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echo " -h Afficher cette aide"
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echo ""
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||||
echo "Exemples:"
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echo " $0 -g # Avec accélération GPU"
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echo " $0 -g -w 4 # GPU + 4 workers parallèles"
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echo " $0 -g -v # GPU + mode verbeux"
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||||
echo " $0 -r 0.2 -g --debug # Haute résolution + GPU + debug"
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echo " $0 -f # Forcer la régénération de tous les fichiers"
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echo " $0 --file LHD_FXX_1000_6882_PTS_LAMB93_IGN69.copc # Un fichier"
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echo " $0 --file LHD_...6881.copc LHD_...6882.copc # Plusieurs fichiers"
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echo " $0 -g # GPU, auto"
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echo " $0 -g -w 4 # GPU + 4 workers"
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echo " $0 -g -v # GPU + verbeux"
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echo " $0 -g -r 0.2 # Haute résolution"
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echo " $0 -g --force # Tout régénérer (WebP + classification)"
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echo " $0 -g --force-classification # Reclassifier le sol seulement"
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echo " $0 -g --ground-classification pmf # Forcer PMF"
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echo " $0 -g --file LHD_...IGN69.copc # Un fichier"
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||||
echo " $0 -g --file LHD_...6881.copc LHD_...6882.copc"
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exit 0
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fi
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@ -52,23 +62,25 @@ GPU_FLAG=""
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VERBOSE_FLAG=""
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FORCE_FLAG=""
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FILE_ARGS=""
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GROUND_METHOD=""
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FORCE_CLASSIFY_FLAG=""
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||||
while getopts "r:w:gvf-:" opt; do
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||||
case $opt in
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||||
r) RESOLUTION="$OPTARG" ;;
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||||
w) WORKERS="$OPTARG" ;;
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||||
g) GPU_FLAG="--gpus all" ;;
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||||
v) VERBOSE_FLAG="-v" ;;
|
||||
f) FORCE_FLAG="--force" ;;
|
||||
-)
|
||||
case "${OPTARG}" in
|
||||
debug) VERBOSE_FLAG="--debug" ;;
|
||||
force) FORCE_FLAG="--force" ;;
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||||
file) ;;
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||||
*) echo "Option invalide: --${OPTARG}" >&2; exit 1 ;;
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esac
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||||
;;
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||||
h)
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||||
# Parse arguments manually (more robust than getopts for mixed short/long options)
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while [ $# -gt 0 ]; do
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||||
case "$1" in
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||||
-r) RESOLUTION="$2"; shift 2 ;;
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||||
-w) WORKERS="$2"; shift 2 ;;
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||||
-g) GPU_FLAG="--gpus all"; shift ;;
|
||||
-v) VERBOSE_FLAG="-v"; shift ;;
|
||||
-f) FORCE_FLAG="--force"; shift ;;
|
||||
--debug) VERBOSE_FLAG="--debug"; shift ;;
|
||||
--force) FORCE_FLAG="--force"; shift ;;
|
||||
--force-classification) FORCE_CLASSIFY_FLAG="--force-classification"; shift ;;
|
||||
--ground-classification) GROUND_METHOD="$2"; shift 2 ;;
|
||||
--ground-classification=*) GROUND_METHOD="${1#--ground-classification=}"; shift ;;
|
||||
--file) shift; while [ $# -gt 0 ] && [[ ! "$1" =~ ^- ]]; do FILE_ARGS="$FILE_ARGS $1"; shift; done ;;
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||||
--test) ;; # Handled below
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||||
-h|--help|-help)
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||||
echo "Pipeline LiDAR Archéologique"
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||||
echo ""
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||||
echo "Usage: $0 [options]"
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||||
@ -79,23 +91,33 @@ while getopts "r:w:gvf-:" opt; do
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||||
echo " -v Mode verbeux (timestamps + niveaux)"
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||||
echo " --debug Mode debug (détails internes fichier:ligne)"
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||||
echo " -f / --force Régénérer tous les fichiers même si les WebP existent"
|
||||
echo " --force-classification"
|
||||
echo " Reclassifier le sol même si le fichier .las existe"
|
||||
echo " --ground-classification {auto,smrf,pmf,csf}"
|
||||
echo " Méthode de classification du sol (défaut: auto)"
|
||||
echo " --file NOM... Traiter un ou plusieurs fichiers LAZ (nom complet sans .laz/.las)"
|
||||
echo " --test Exécuter les tests unitaires"
|
||||
echo " -h Afficher cette aide"
|
||||
echo ""
|
||||
echo "Exemples:"
|
||||
echo " $0 -g # Avec accélération GPU"
|
||||
echo " $0 -g -w 4 # GPU + 4 workers parallèles"
|
||||
echo " $0 -g -v # GPU + mode verbeux"
|
||||
echo " $0 -r 0.2 -g --debug # Haute résolution + GPU + debug"
|
||||
echo " $0 -f # Forcer la régénération de tous les fichiers"
|
||||
echo " $0 --file 6881 # Traiter un seul fichier"
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||||
echo " $0 --file 6881 6882 # Traiter deux fichiers spécifiques"
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||||
echo " $0 -g # GPU, auto"
|
||||
echo " $0 -g -w 4 # GPU + 4 workers"
|
||||
echo " $0 -g -v # GPU + verbeux"
|
||||
echo " $0 -g -r 0.2 # Haute résolution"
|
||||
echo " $0 -g --force # Tout régénérer (WebP + classification)"
|
||||
echo " $0 -g --force-classification # Reclassifier le sol seulement"
|
||||
echo " $0 -g --ground-classification pmf # Forcer PMF"
|
||||
echo " $0 -g --file LHD_...IGN69.copc # Un fichier"
|
||||
echo " $0 -g --file LHD_...6881.copc LHD_...6882.copc"
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||||
exit 0
|
||||
;;
|
||||
*) echo "Option invalide. Utilisez -h pour l'aide." >&2; exit 1 ;;
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||||
*) echo "Option invalide: $1" >&2; exit 1 ;;
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||||
esac
|
||||
done
|
||||
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||||
# Trim FILE_ARGS whitespace
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||||
FILE_ARGS=$(echo "$FILE_ARGS" | xargs)
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||||
|
||||
# Check for --test flag first
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||||
if [[ " $* " == *" --test "* ]]; then
|
||||
# Build l'image si elle n'existe pas
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||||
@ -112,27 +134,6 @@ if [[ " $* " == *" --test "* ]]; then
|
||||
exit $?
|
||||
fi
|
||||
|
||||
# Collect --file arguments (everything after --file until next option)
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||||
if [[ "$*" == *" --file "* ]] || [[ "$*" == *" --file"* && "$*" == *"--file "* ]]; then
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||||
# Extract all arguments after --file
|
||||
PAST_FILE=false
|
||||
for arg in "$@"; do
|
||||
if [ "$arg" = "--file" ]; then
|
||||
PAST_FILE=true
|
||||
continue
|
||||
fi
|
||||
if $PAST_FILE; then
|
||||
# Stop if we hit another option
|
||||
if [[ "$arg" == -* ]]; then
|
||||
PAST_FILE=false
|
||||
else
|
||||
FILE_ARGS="$FILE_ARGS $arg"
|
||||
fi
|
||||
fi
|
||||
done
|
||||
FILE_ARGS=$(echo "$FILE_ARGS" | xargs)
|
||||
fi
|
||||
|
||||
# Build l'image si elle n'existe pas
|
||||
if ! docker image inspect "$IMAGE_NAME" >/dev/null 2>&1; then
|
||||
echo "Build de l'image Docker..."
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||||
@ -151,12 +152,17 @@ echo " Workers : ${WORKERS}"
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||||
echo " GPU : $([ -n "$GPU_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
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||||
echo " Verbeux : $([ -n "$VERBOSE_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
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||||
echo " Force : $([ -n "$FORCE_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
|
||||
echo " Force classif.: $([ -n "$FORCE_CLASSIFY_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
|
||||
echo " Classification sol : $([ -n "$GROUND_METHOD" ] && echo "$GROUND_METHOD" || echo 'auto')"
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||||
if [ -n "$FILE_ARGS" ]; then
|
||||
echo " Fichiers :${FILE_ARGS}"
|
||||
fi
|
||||
echo "============================================"
|
||||
|
||||
CMD_ARGS="-o /data/output -r $RESOLUTION -w $WORKERS $VERBOSE_FLAG $FORCE_FLAG"
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||||
CMD_ARGS="-o /data/output -r $RESOLUTION -w $WORKERS $VERBOSE_FLAG $FORCE_FLAG $FORCE_CLASSIFY_FLAG"
|
||||
if [ -n "$GROUND_METHOD" ]; then
|
||||
CMD_ARGS="$CMD_ARGS --ground-classification $GROUND_METHOD"
|
||||
fi
|
||||
if [ -n "$FILE_ARGS" ]; then
|
||||
CMD_ARGS="$CMD_ARGS --file $FILE_ARGS"
|
||||
fi
|
||||
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