Refactor pipeline en modules + logging verbose/debug + options CLI

- Découpage du monolithe process_lidar.py (~2750 lignes) en package
  lidar_pipeline/ avec 9 modules (gpu, dtm, visualizations, ign,
  rendering, pipeline, cli, __init__, __main__)
- Logging configurable: -v (verbose avec timestamps) et --debug
  (détails internes fichier:ligne)
- Option --force pour régénérer tous les fichiers (par défaut skip
  les WebP existants)
- Option --file NOM pour traiter un seul fichier LAZ (tests rapides)
- ProcessPoolExecutor avec répertoires temporaires uniques par worker
- Suppression du code mort (geomorphons, hillshade_ne, nodata_mask)
- Aucun fichier TIFF résiduel après conversion WebP
- setup.py pour installation pip, stub process_lidar.py compatible

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

run.sh

@@ -1,11 +1,16 @@
 #!/bin/bash
 # Pipeline LiDAR Archéologique
 # Utilisation: ./run.sh [options]
+#
 # Options:
 #   -r RESOLUTION   Résolution en m/px (défaut: 0.5)
 #   -w WORKERS      Nombre de workers parallèles (défaut: 1)
 #   -g              Activer l'accélération GPU
-#   -h              Afficher l'aide
+#   -v              Mode verbeux (timestamps + niveaux)
+#   --debug         Mode debug (détails internes fichier:ligne)
+#   -f / --force    Régénérer tous les fichiers même si existants
+#   --file NOM      Traiter un seul fichier LAZ (pour tests)
+#   -h              Afficher l'aide complète
 
 set -e
 
@@ -16,33 +21,59 @@ IMAGE_NAME="lidar-lidar"
 RESOLUTION=0.5
 WORKERS=1
 GPU_FLAG=""
+VERBOSE_FLAG=""
+FORCE_FLAG=""
+FILE_FILTER=""
 
-while getopts "r:w:gh" opt; do
+while getopts "r:w:gvf-:" opt; do
     case $opt in
         r) RESOLUTION="$OPTARG" ;;
         w) WORKERS="$OPTARG" ;;
         g) GPU_FLAG="--gpus all" ;;
+        v) VERBOSE_FLAG="-v" ;;
+        f) FORCE_FLAG="--force" ;;
+        -)
+            case "${OPTARG}" in
+                debug) VERBOSE_FLAG="--debug" ;;
+                force) FORCE_FLAG="--force" ;;
+                file) ;;
+                *) echo "Option invalide: --${OPTARG}" >&2; exit 1 ;;
+            esac
+            ;;
         h)
             echo "Pipeline LiDAR Archéologique"
             echo ""
-            echo "Usage: $0 [-r RESOLUTION] [-w WORKERS] [-g]"
+            echo "Usage: $0 [options]"
             echo ""
             echo "  -r RESOLUTION   Résolution en m/px (défaut: 0.5)"
             echo "  -w WORKERS      Nombre de workers CPU parallèles (défaut: 1)"
             echo "  -g              Activer l'accélération GPU NVIDIA"
+            echo "  -v              Mode verbeux (timestamps + niveaux)"
+            echo "  --debug         Mode debug (détails internes fichier:ligne)"
+            echo "  -f / --force    Régénérer tous les fichiers même si les WebP existent"
+            echo "  --file NOM      Traiter un seul fichier LAZ (pour tests)"
             echo "  -h              Afficher cette aide"
             echo ""
             echo "Exemples:"
             echo "  $0                          # Traitement standard"
             echo "  $0 -g                       # Avec accélération GPU"
             echo "  $0 -g -w 4                  # GPU + 4 workers parallèles"
-            echo "  $0 -r 0.2 -g                # Haute résolution + GPU"
+            echo "  $0 -g -v                    # GPU + mode verbeux"
+            echo "  $0 -r 0.2 -g --debug        # Haute résolution + GPU + debug"
+            echo "  $0 -f                       # Forcer la régénération de tous les fichiers"
+            echo "  $0 --file 6881              # Traiter un seul fichier (pour tests)"
             exit 0
             ;;
         *) echo "Option invalide. Utilisez -h pour l'aide." >&2; exit 1 ;;
     esac
 done
 
+# Handle --file option separately (not easily done in getopts)
+if [[ " $@ " == *" --file "* ]]; then
+    # Extract the argument after --file
+    FILE_FILTER=$(echo "$@" | sed -n 's/.*--file *\([^ ]*\).*/\1/p')
+fi
+
 # Build l'image si elle n'existe pas
 if ! docker image inspect "$IMAGE_NAME" >/dev/null 2>&1; then
     echo "Build de l'image Docker..."
@@ -59,14 +90,22 @@ echo "============================================"
 echo "  Résolution : ${RESOLUTION}m/px"
 echo "  Workers    : ${WORKERS}"
 echo "  GPU        : $([ -n "$GPU_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
+echo "  Verbeux    : $([ -n "$VERBOSE_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
+echo "  Force      : $([ -n "$FORCE_FLAG" ] && echo 'OUI' || echo 'non')"
+if [ -n "$FILE_FILTER" ]; then
+    echo "  Fichier    : ${FILE_FILTER}"
+fi
 echo "============================================"
 
+CMD_ARGS="-o /data/output -r $RESOLUTION -w $WORKERS $VERBOSE_FLAG $FORCE_FLAG"
+if [ -n "$FILE_FILTER" ]; then
+    CMD_ARGS="$CMD_ARGS --file $FILE_FILTER"
+fi
+
 docker run --rm $GPU_FLAG \
     --user 1000:1000 \
     -v "${INPUT_DIR}:/data/input:ro" \
     -v "${OUTPUT_DIR}:/data/output" \
     "$IMAGE_NAME" \
-    python3 /usr/local/bin/process_lidar.py /data/input \
-    -o /data/output \
-    -r "$RESOLUTION" \
-    -w "$WORKERS"
+    python3 -m lidar_pipeline /data/input \
+    $CMD_ARGS